1. Badan Kepegawaian Daerah DIY

2. Badan Kesatuan Bangsa dan Politik DIY

3. Badan Penanggulangan Bencana Daerah DIY

4. Badan Pendidikan dan Pelatihan DIY

5. Badan Pengelola Keuangan dan Aset DIY

6. Badan Penghubung Daerah DIY

7. Badan Perencanaan Pembangunan Riset dan Inovasi Daerah DIY

8. Biro Hukum Sekretariat Daerah DIY

9. Biro Kesejahteraan Rakyat Sekretariat Daerah DIY

10. Biro Organisasi Sekretariat Daerah DIY

11. Biro Pengembangan Infrastruktur Wilayah dan Pembiayaan Pembangunan Sekretariat Daerah DIY

12. Biro Pengadaan Barang dan Jasa Sekretariat Daerah DIY

13. Biro Perekonomian Sekretariat Daerah DIY

14. Biro Tata Pemerintahan Sekretariat Daerah DIY

15. Biro Umum, Hubungan Masyarakat, dan Protokol Sekretariat Daerah DIY

16. Dinas Kebudayaan DIY

17. Dinas Kelautan dan Perikanan DIY

18. Dinas Kesehatan DIY

19. Dinas Komunikasi dan Informatika DIY

20. Dinas Koperasi, Usaha Kecil dan Menengah DIY

21. Dinas Lingkungan Hidup dan Kehutanan DIY

22. Dinas Pariwisata DIY

23. Dinas Pekerjaan Umum, Perumahan, dan Energi Sumber Daya Mineral DIY

24. Dinas Pemberdayaan Masyarakat dan Kalurahan, Kependudukan dan Pencatatan Sipil DIY

25. Dinas Pemberdayaan Perempuan, Perlindungan Anak, dan Pengendalian Penduduk DIY

26. Dinas Penanaman Modal dan Pelayanan Terpadu Satu Pintu DIY

27. Dinas Pendidikan, Pemuda, dan Olahraga DIY

28. Dinas Perhubungan DIY

29. Dinas Perindustrian dan Perdagangan DIY

30. Dinas Perpustakaan dan Arsip Daerah DIY

31. Dinas Pertanian dan Ketahanan Pangan DIY

32. Dinas Pertanahan dan Tata Ruang DIY

33. Dinas Sosial DIY

34. Dinas Tenaga Kerja dan Transmigrasi DIY

35. Inspektorat DIY 

36. Paniradya Kaistimewan DIY 

37. Satuan Polisi Pamong Praja DIY

38. Sekretariat Dewan Perwakilan Rakyat Daerah DIY